Založba Pedagoškega inštituta obsega naslednje zbirke:
- Dissertationes je namenjena izdajanju novih in ponatisu že izdanih eno- in večavtorskih monografij s področja humanistike in družboslovja.
- Clavis litterarum Slovenicarum obsega znanstveno-kritične edicije del slovenskega slovstva med 1550 in 1918.
- Compendia prinaša predvsem univerzitetne učbenike za posamezne predmete na fakultetah štirih slovenskih univerz ali zasebnih visokih šol.
- Documenta objavlja besedila, ki so »miscelanea« raziskovalnega procesa (članek, nenatisnjeno javno predavanje, poročilo).
- Rastoči leksikoni so namenjeni publiciranju znanstvenih leksikonov s področja humanistike in družboslovja.
- Zbrana dela Primoža Trubarja prinašajo znanstvenokritično objavo spisov luteranskega duhovnika in prvega slovenskega pisatelja, Primoža Trubarja.