Raziskovalni centri so raziskovalno samostojne enote, ki med seboj tesno sodelujejo. Raziskovalna področja sodelavcev inštituta zajemajo razvijanje temeljnih ved kot so filozofija, pedagogika, sociologija, psihologija, lingvistika, antropologija – vse s poddisciplinami in interdisciplinarnimi preseki ter izvajanje temeljnih, razvojnih in aplikativnih raziskav na omenjenih področjih. Poleg izvajanja raziskovalno razvojnih projektov opravljajo centri še:
- usposabljanje mladih raziskovalcev;
- pedagoško delo;
- povezovanje tujih in domačih institucij ter raziskovalcev;
- druge naloge.
Raziskovalna dejavnost inštituta poteka v okviru Programske skupine za edukacijske raziskave, ki združuje naslednje raziskovalne centre/enote:
- Center za evalvacijske študije
- Center za diskurzivne študije v vzgoji in izobraževanju
- Center za filozofijo vzgoje
- Center za družboslovne in antropološke raziskave v vzgoji in izobraževanju
- Center za kakovost v vzgoji in izobraževanju Korak za korakom
- Center za uporabno epistemologijo
- Infrastrukturni center Pedagoškega inštituta